Αιχμηρή ήταν η απάντηση του υπουργείου Παιδείας αναφορικά με την προσφυγή της Εκκλησίας της Ελλάδος στο Συμβούλιο Επικρατείας για τον νέο οργανισμό.
Το ΥΠΕΠΘ επισημαίνει ότι «η Νομική Υπηρεσία της Εκκλησίας της Ελλάδος γνωρίζει πολύ καλά ότι κάθε Προεδρικό Διάταγμα πριν υπογραφεί από τον Πρόεδρο της Δημοκρατίας και τεθεί σε ισχύ, υφίσταται έλεγχο νομιμότητας -και, φυσικά, αντισυνταγματικότητας- από το ΣτΕ».
Εκτός αυτού, συμπληρώνει το υπουργείο Παιδείας, το Π.Δ. για τον Οργανισμό του ΥΠΠΕΘ αποτέλεσε αντικείμενο εκτενούς και δημόσιας συζήτησης επί μακρό χρονικό διάστημα κατά το οποίο η Εκκλησία της Ελλάδος ουδέποτε εξέφρασε κάποια επιφύλαξη ούτε ζήτησε κάποια ενημέρωση.
Μάλιστα, σχολιάζει πως «ο τρόπος εσωτερικής οργάνωσης του Υπουργείου Παιδείας, Έρευνας και Θρησκευμάτων είναι αποκλειστικό ζήτημα της Πολιτείας» και διερωτάται «γιατί καταγράφεται τώρα αντίδραση;» κάνοντας αναφορά στη θεσμοθέτηση που προέβλεπε ο προηγούμενος Οργανισμός του ΥΠΕΠΘ επί κυβέρνησης Σαμαρά.
«Εάν η Εκκλησία της Ελλάδος είχε ζητήσει ενημέρωση εγκαίρως από το ΥΠΠΕΘ, για όποια θέματα επιθυμούσε, είναι βέβαιο ότι μέσω του διαλόγου θα είχαν διευκρινισθεί όλα αυτά τα θέματα χωρίς πράξεις και κινήσεις που μπορεί να διακυβεύσουν τις σχέσεις συνεργασίας μεταξύ Πολιτείας και Εκκλησίας. Το ΥΠΠΕΘ σέβεται πάντοτε την αρχή των διακριτών ρόλων και υπενθυμίζει ότι το γενικότερο σύστημα που διέπει τις σχέσεις Πολιτείας και Εκκλησίας ορίζεται από το Σύνταγμα σύμφωνα με το οποίο "θεμέλιο του Πολιτεύματος είναι η λαϊκή κυριαρχία"», καταλήγει.