Παραβίαση της Ευρωπαϊκής Σύμβασης παρατηρεί το Ευρωπαϊκό Δικαστήριο Δικαιωμάτων του Ανθρώπου, όσον αφορά το Ελληνικό Σύστημα Απαλλαγής των Μαθητών από το μάθημα των Θρησκευτικών.
Όπως αναφέρεται σε σχετική απόφαση του τμήματος, το Ευρωπαϊκό Δικαστήριο των Δικαιωμάτων του Ανθρώπου έκρινε, ομόφωνα, ότι έχει παραβιαστεί το άρθρο 2 του Πρωτοκόλλου αρ. 1 (δικαίωμα στην εκπαίδευση) της Ευρωπαϊκής Σύμβασης των Δικαιωμάτων του Ανθρώπου, ερμηνευόμενο υπό το φως του άρθρου 9 (ελευθερία της σκέψης, της συνείδησης και της θρησκειας).
Το Δικαστήριο έκρινε ότι οι αρχές δεν έχουν δικαίωμα να υποχρεώνουν άτομα να αποκαλύπτουν τις πεποιθήσεις τους. Ωστόσο, το ισχύον σύστημα στην Ελλάδα για την απαλλαγή των παιδιών από το μάθημα των θρησκευτικών επιβάλλει στους γονείς να υποβάλλουν υπεύθυνη δήλωση λέγοντας ότι τα παιδιά τους δεν είναι Χριστιανοί Ορθόδοξοι. Αυτή η προϋπόθεση επιβάλλει ένα απαράδεκτο βάρος στους γονείς, να αποκαλύψουν πληροφορίες, από τις οποίες θα μπορούσε να προκύπτει ότι οι ίδιοι και τα παιδιά τους έχουν ή δεν έχουν συγκεκριμένη θρησκευτική πεποίθηση.
Επιπλέον αυτό το σύστημα θα μπορούσε επίσης να αποτρέψει τους γονείς να υποβάλλουν αίτηση εξαίρεσης, ιδίως σε μια περίπτωση όπως των προσφευγόντων που ζουν σε μικρά νησιά όπου η μεγάλη πλειοψηφία του πληθυσμού ανήκει σε συγκεκριμένο θρήσκευμα και ο κίνδυνος του στιγματισμού είναι πολύ σοβαρότερος.
Αξίζει να σημειωθεί πως σύμφωνα με τα άρθρα 43 και 44 της Σύμβασης, αυτή η απόφαση Τμήματος δεν είναι τελική. Εντός διαστήματος τριών μηνών από την έκδοσή της, κάθε ενδιαφερόμενος διάδικος σε αυτή την υπόθεση μπορεί να ζητήσει την παραπομπή της στο Τμήμα Μείζονος Συνθέσεως. Εάν υποβληθεί τέτοια αίτηση, μια σύνθεση από πέντε δικαστές θα αποφασίσει εάν η υπόθεση θα πρέπει να παραπεμφθεί για περαιτέρω εξέταση. Σε αυτή την περίπτωση, η υπόθεση θα δικαστεί με ακροαματική διαδικασία στο Τμήμα Μείζονος Συνθέσεως και θα εκδοθεί τελική απόφαση. Εάν απορριφθεί το αίτημα, η απόφαση του Τμήματος θα κηρυχθεί τελική την ίδια ημέρα. Όταν μια απόφαση καθίσταται τελική, διαβιβάζεται στην Επιτροπή Υπουργών του Συμβουλιου της Ευρώπης για την εποπτεία της εκτέλεσής της.