Την παραίτησή του υπέβαλε στον υπουργό Αγροτικής Ανάπτυξης και Τροφίμων, Σταύρο Αραχωβίτη, ο πρόεδρος του ΕΦΕΤ, Ιωάννης Τσιάλτας, αφήνοντας αιχμές κατά της ηγεσίας του υπουργείου.
Στην επιστολή της παραίτησής του ο κ. Τσιάλτας εξηγεί τους βασικούς λόγους της απόφασής του, οι οποίοι - όπως αναφέρει - εστιάζονται «στην αδυναμία ή μάλλον στην αδιαφορία του ΥΠΑΑΤ να εξασφαλίσει τη λειτουργία του φορέα, καθώς και στην διαφαινόμενη βούληση να παρεκκλίνει ο φορέας από το κύριο έργο του που είναι η ασφάλεια των τροφίμων και η προστασία του καταναλωτή και της δημόσιας υγείας».
Επισημαίνει ακόμη ότι σημαντικό ρόλο στην απόφασή του αυτή έπαιξαν «και οι εξελισσόμενοι σχεδιασμοί άλλων υπουργείων να διασπάσουν τον επίσημο έλεγχο τροφίμων και με τον τρόπο αυτόν να υπονομεύσουν όλο το έργο που έχει επιτευχθεί με την ίδρυση και λειτουργία του ΕΦΕΤ, αλλά και την εμφανή αδιαφορία της νέας πολιτικής ηγεσίας να αντιμετωπίσει το θέμα».