Ανεπηρέαστο φαίνεται πως μένει το λιμάνι της Θεσσαλονίκης από τη λαίλαπα πτώσης των εργασιών που φέρνει η εφαρμογή του ETS, δηλαδή το Emission Trading System, το οποίο θα υποχρεώνει τις ναυτιλιακές εταιρείες να καταβάλουν συγκεκριμένο ποσό από 1/1/2024 σε ευρωπαϊκά λιμάνια για την εκπομπή ρύπων, κάτι που αφορά κυρίως τα μεγάλα φορτηγά πλοία που μεταφέρουν εμπορεύματα από ασιατικές χώρες.
Συγκεκριμένα, οι Βρυξέλλες, σε ό,τι αφορά τον ναυτιλιακό τομέα, στοχεύουν στη μείωση εκπομπών αερίων θερμοκηπίου από τα πλοία κατά 2% από το 2025, 14,5% από το 2035 και 80% από το 2050 σε σύγκριση με τα επίπεδα του 2020. Οι περικοπές θα εφαρμοστούν στα πλοία με ολική χωρητικότητα άνω των 5.000 τόνων, τα οποία αντιπροσωπεύουν το 90% των εκπομπών διοξειδίου του άνθρακα.
Η συγκεκριμένη εξέλιξη φαίνεται πως έχει επηρεάσει σημαντικά το λιμάνι του Πειραιά, αφού ήδη αρκετές ναυτιλιακές εταιρείες ήδη έχουν επιλέξει τη λογική του «rerooting», να στραφούν δηλαδή σε άλλο εκτός Ευρωπαϊκής Ένωσης (Πορτ Σαΐντ και Αλεξάνδρεια στην Αίγυπτο, λιμάνια της Τουρκίας), ώστε να γλυτώσουν το επιπλέον κόστος που διαφαίνεται.
Την ίδια ώρα η Θεσσαλονίκη δείχνει να μένει ανεπηρέαστη από όλη αυτή την εξέλιξη, κυρίως λόγω της γεωστρατηγικής της θέσης, αφού στην περιοχή δεν υπάρχει άλλος ανταγωνιστικός λιμένας που να εξυπηρετεί συγκεκριμένες αγορές (Βόρεια Μακεδονία, Σερβία και ως έναν βαθμό Κεντρική Ευρώπη), όπως συμβαίνει με το μεγαλύτερο λιμάνι της χώρας.
Σύμφωνα με πληροφορίες της Voria.gr, οι πελάτες του λιμανιού της Θεσσαλονίκης μένουν ως έχουν, ενώ διαφαίνεται και μια προοπτική περαιτέρω ανάπτυξης χάρη σε αυτή την εξέλιξη, κυρίως λόγω του συγκριτικού πλεονεκτήματος, της «μοναδικότητας», που προαναφέρθηκε. Άλλωστε, το 80% της διακίνησης εμπορευμάτων από και προς το λιμάνι της Θεσσαλονίκης είναι ανελαστική, καθώς αφορά τη Βόρεια Ελλάδα και τη Νότια Βαλκανική.
Όπως αναφέρουν οι ίδιες πηγές, ούτε το λιμάνι της Σμύρνης μπορεί να χτυπήσει τη Θεσσαλονίκη, όπως για παράδειγμα φαίνεται να συμβαίνει με το Πορτ Σαΐντ και τον Πειραιά, καθώς αφενός υστερεί σε υποδομές και αφετέρου δεν προκύπτει βελτίωση του κόστους με τους τελωνειακούς ελέγχους και τη χερσαία μεταφορά που θα ακολουθήσει ώστε τα εμπορεύματα να φτάσουν στον τελικό προορισμό.
Αυτό που μένει μόνο είναι να διευκρινιστεί μια ασάφεια για το τι θα γίνει με τα ευρωπαϊκά λιμάνια εκτός ΕΕ (π.χ. Δυρράχιο στην Αλβανία, Μπαρ στο Μαυροβούνιο), ωστόσο οι πληροφορίες αναφέρουν ότι εμπίπτουν εντός του νέου κανονισμού, αφού διακινούν εμπορεύματα τα οποία έχουν προορισμό χώρες της Ευρωπαϊκής Ένωσης.