Την επομένη της αποφυλάκισης του, ο Βασίλης Παπαγεωργόπουλος απολογήθηκε σε ειδικό ανακριτή για άλλο έλλειμμα που βρέθηκε στα ταμεία του δήμου Θεσσαλονίκης, κατά τη διάρκεια της θητείας του.
Μετά την απολογία του για την υπόθεση των ειδικών εντολών πληρωμής ο τέως δήμαρχος Θεσσαλονίκης αφέθηκε ελεύθερος, χωρίς περιοριστικούς όρους, με τη σύμφωνη γνώμη ανακριτή και εισαγγελέα.
Ενώπιον του ειδικού ανακριτή Δημοσθένη Στίγγα, αρμόδιου για θέματα διαφθοράς, ο κατηγορούμενος αρνήθηκε ότι διέπραξε το αδίκημα της "άμεσης συνέργειας σε απιστία" που του αποδίδεται. «Δεν είχα καμία διαχειριστική ευθύνη. Την διαχείριση την έκαναν οι αντιδήμαρχοι» φέρεται ότι ανέφερε και δια ζώσης και μέσω του απολογητικού υπομνήματος που υπέβαλε.
Ο Β. Παπαγεωργόπουλος σημείωσε ότι το θέμα ήταν λογιστικό και ότι οι επίδικες εκατοντάδες ειδικές εντολές πληρωμής έχουν ήδη ενταλματοποιηθεί, πλην δύο περιπτώσεων που αφορούν μικρά ποσά. Αυτό προκύπτει και από έγγραφο της νέας διοίκησης του δήμου Θεσσαλονίκης, όπου αναφέρεται ότι οι ειδικές εντολές έχουν τακτοποιηθεί στην πλειοψηφία τους,και τέθηκε υπόψη του ανακριτή.
Η δίωξη κατά του τέως δημάρχου κι άλλων στελεχών και υπαλλήλων του δήμου Θεσσαλονίκης , ασκήθηκε με εντολή του εισαγγελέα εγκλημάτων διαφθοράς Αργύρη Δημόπουλου, το Δεκέμβριο 2014.
Προηγουμένως, οικονομικός επιθεωρητής εντόπισε «τρύπα» 1,1 εκατ. από ειδικές εντολές για δαπάνες που πληρώθηκαν από το δήμο Θεσσαλονίκης, κατά το διάστημα 1998-2004, χωρίς όμως την προηγούμενη έκδοση χρηματικών ενταλμάτων, παραστατικών και δικαιολογητικών εγγράφων.