Στους δύο λόγους για τους οποίους διαφώνησε με τη Συνθήκη των Πρεσπών αναφέρθηκε η Ντόρα Μπακογιάννη στο συνέδριο με θέμα «ΜΕΤΑΠΟΛΙΤΕΥΣΗ: 50 Χρόνια Μετά», το οποίο συνδιοργανώνουν η Καθημερινή, το Μορφωτικό Iδρυμα Εθνικής Τραπέζης (ΜΙΕΤ), το Οικονομικό Φόρουμ Δελφών και το Ελληνικό Παρατηρητήριο του London School of Economics.
Αυτοί οι λόγοι σύμφωνα με την ίδια, ήταν τα ζητήματα της ταυτότητας και της γλώσσας, παραδεχόμενη παράλληλα ότι το ζήτημα της ονομασίας αποτέλεσε μια επιτυχία της διαπραγμάτευσης Κοτζιά.
Αναφερόμενη στις σχέσεις με τη Ρωσία είπε πως «δεν είχαν στρατηγικό βάθος, αλλά οικονομικό». Ερχόμενη στο σήμερα, τόνισε ότι οτιδήποτε εκπροσωπεί τις αξίες της Ευρωπαϊκής Ένωσης έρχεται σε αντίθεση με τις θέσεις της Ρωσίας. «Η Ευρώπη σήμερα δεν μπορεί παρά να είναι απέναντι στη Ρωσία», είπε, εκφράζοντας την πεποίθηση ότι στο αμέσως προσεχές μέλλον είναι μάλλον αδύνατον να φτιάξουν οι σχέσεις.